พลเอกมังกร พรหมโยธี สมรสกับคุณหญิงทองเจือ พรหมโยธี (สกุลเดิม: ศุภชลัสถ์) เมื่อ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2462 มีบุตรธิดา คือ[1]

1. พันเอก กำจร พรหมโยธี
2. นงโภช พรหมโยธี
3. ทินกร โปษยานนท์
4. มณฑา พรหมโยธี
5. เกียรติกร พรหมโยธี
6. ร้อยเอก เจตกมล พรหมโยธี

ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2485 พลเอกมังกร พรหมโยธี ได้มีบุตรชายอีก 2 คน ซึ่งเกิดจากหม่อมเจ้าบรรเจิดวรรณวรางค์ วรวรรณ คือ[1]

1. กำจรเดช พรหมโยธี
2. เจตกำจร พรหมโยธี

พลเอกมังกร พรหมโยธี ถึงแก่อนิจกรรมเมื่อวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2509 ณ โรงพยาบาลโรงงานยาสูบ พระราชทานเพลิงศพ ณ เมรุหลวงหน้าพลับพลาอิศริยาภรณ์ วัดเทพศิรินทราวาส เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2509